Siemenpuu myöntää hanketukea Etelän järjestöille ja verkostoille pääosin seitsemän yhteistyöohjelman kautta.
Intiassa toimivat yhteistyöohjelmat SADED-verkoston, NAA-verkoston ja Tamil Nadu Core Teamin kanssa. Indonesian yhteistyöohjelmaa koordinoidaan paikallisista ympäristövaikuttajista koostuvan ohjausryhmän kanssa, Malissa kumppanina on Mali Folkecenter - Nyetaa -niminen järjestö. Vuonna 2009 käynnistyneen Mekongin alueen ohjelman yhteistyötahona on Mekong Energy and Ecology -verkosto. Samoin 2009 alkaneessa Latinalaisen Amerikan ohjelmassa tuki kanavoidaan Brasilian Amazonian alueella toimivan Aliança dos povos da floresta -yhteenliittymän, Latinalaisen Amerikan Maan ystävien, Acción por la Biodiversidadin sekä World Rainforest Movementin verkostojen kautta. Lisätietoa kustakin yhteistyöohjelmasta löytyy niiden omilta alasivuilta:
Indonesia
Intia NAA
Intia SADED
Intia Tamil Nadu
Latinalainen Amerikka
Mali
Mekong