Siemenpuu-säätiön perusti vuonna 1998 viisitoista ympäristö- ja kehitysteemojen parissa toimivaa suomalaista kansalaisjärjestöä ja -säätiötä. Se tukee kansalaisyhteiskunnan toimijoita kehitysmaissa ekologisen demokratian ja ympäristönsuojelun edistämisessä sekä ympäristöuhkien torjumisessa.

Säätiö myöntää hankerahoitusta suoraan kansalaisjärjestöille ja -järjestöjen verkostoille, kansalaisliikkeille sekä tutkimuslaitoksille joiden toiminta ja kotipaikka ovat kehitysmaissa. Tuetuissa hankkeissa korostuu ympäristöteeman ohella yhteisöjen voimallistaminen sekä ihmisten oma vastuu ekologisesti ja sosiaalisesti kestävien menettelytapojen luomisessa ja kansalaisyhteiskunnan rakentamisessa.

Rahoitustoiminta alkoi vuonna 2002. Vuoden 2010 alkuun mennessä säätiö on tukenut yhteensä 325 hanketta yli 50 maassa. Tällä hetkellä säätiön maantieteellisiä painopistealueita ovat Mali, Intia, Indonesia, Mekong ja Latinalainen Amerikka. Näillä alueilla rahoitetaan hankkeita seitsemän eri teemoihin keskittyvän yhteistyöohjelman kautta. Yksittäisiä hankkeita muista maista tuetaan erityistapauksissa.

Siemenpuu saa rahoituksensa ulkoministeriön kehitysyhteistyövaroista. Säätiön kokonaisbudjetti vuodelle 2010 on 1 456 000 euroa.