Indonesian yhteistyöohjelma aloitettiin vuonna 2006. Sen kautta rahoitetaan yksittäisten järjestöjen hankkeita, joiden identifioinnissa ja valinnassa Siemenpuun tukena toimii kolmesta indonesialaisesta ja neljästä suomalaisesta asiantuntijasta koostuva työryhmä.
Yhteistyöohjelman teemana on metsien ekosysteemit ja ekologinen demokratia. Tämä tarkoittaa metsäympäristön kokonaisvaltaista suojelua sekä paikallisten ryhmien demokraattisia mahdollisuuksia osallistua metsien ekosysteemien käyttöön ja suojeluun kestävästi omista kulttuurisista lähtökohdistaan käsin. Teeman kautta on mahdollista vahvistaa paikallisia metsissä tai metsien läheisyydessä eläviä ryhmittymiä ja metsien suojelua.
Indonesian yhteistyöohjelman puitteissa on tehty yhteensä 24 myönteistä hanketukipäätöstä vuoden 2010 alkuun mennessä. Kuluvana vuonna Indonesian maksatuksiin käytetään noin 110 000 euroa.
Tuettavien hankkeiden identifioinnin, valinnan ja seurannan lisäksi Indonesia-työryhmä järjestää kerran vuodessa kumppanitapaamisen Indonesiassa. Kumppanitapaamisessa työryhmä kokoontuu rahoitettavien toimijoiden kanssa arvioimaan yhteistyötä sekä määrittelemään tulevia suuntauksia.