Le programme de coopération Indonésie fut lancé en 2006. Les projets d’ONG individuelles sont financés à travers du programme. Un groupe consultatif d’experts Indonésiens et Finlandais aide Siemenpuu à l’identification et le choix des projets.

Les champs thématiques du programme sont les écosystèmes forestiers et la démocratie écologique. Ceci se traduit par la conservation compréhensif de l’environnement forestier ainsi que la possibilité pour les groupes locaux de  participer dans l’utilisation et la conservation des écosystèmes forestiers d’une façon durable  tout en respectant leurs propres points de vue culturels. Grace à cette concentration thématique,  il deviendrait possible de renforcer aussi bien la conservation des forêts que les groupes locaux y habitant ou s’y trouvant à proximité.

En tout 31 projets ont été financés à travers le programme de coopération d’Indonésie et ce jusqu’au début 2011. Le budget du programme de coopération pour cette année s’élève à approximativement 170 000 Euros.

En plus de l’identification, de la sélection et du contrôle de projet, le groupe consultatif d’Indonésie organise, en Indonésie, une réunion annuelle des partenaires. Pendant la réunion, le groupe ainsi que les bénéficiaires évaluent la coopération et définissent les activités futures.