Siemenpuu canaliza el financiamiento para los proyectos de las ONGs y sus redes en el Sur principalmente a través de los siete programas de cooperación.

Los programas de cooperación en India están administrados en asociación con las redes llamadas SADED y NAA más el Tamil Nadu Core Team. El programa de cooperación de Indonesia está coordinado conjuntamente con una junta consultora compuesta de expertos ambientalistas activistas locales, mientras que la contraparte del programa de Malí es el Malí Folkcenter Nyetaa. La red Mekong Energy and Ecology fue escogida como la socia de la Fundación en la región de Mekong, cuya cooperación se inició en el año 2009. Dentro del programa de América Latina la cooperación es canalizada a través de Aliança dos povos da floresta del Amazonas brasileño, Amigos de la Tierra de América Latina y el Caribe, la Acción por la Biodiversidad y el Movimiento Mundial por los Bosques Tropicales. Más información sobre cada programa de cooperación se encuentra en su propia página:

Indonesia
India NAA
India SADED
India Tamil Nadu
América Latina
Malí
Mekong