El programa de cooperación en Indonesia comenzó en el año 2006. A través del programa se financian proyectos de ONGs individuales. En la identificación y selección de los proyectos, un grupo consultor formado por expertos, asesora a Siemenpuu.

Las áreas temáticas del programa son ecosistemas forestales y democracia ecológica. Esto quiere decir una conservación comprehensiva del ambiente forestal así como promoción de las posibilidades democráticas de los grupos locales para participar en el uso y la conservación de ecosistemas del bosque en forma sostenible y respetando sus propias visiones culturales. A través de este enfoque temático es posible fortalecer la conservación de los bosques así como a los grupos locales que viven en el bosque y cerca de él.

En total, hasta inicios del 2011, se han tomado 31 decisiones afirmativas de financiación a través del programa de cooperación en Indonesia. El presupuesto del programa de cooperación para este año es de aproximadamente 170 000 euros.

Además de identificar, seleccionar y monitorear los proyectos, el grupo consultor de Indonesia, organiza anualmente una reunión con los socios de ese país. La reunión tiene como objetivo evaluar la cooperación entre ambas partes, así como la definición de las futuras actividades.